柯承亨一直對陳水扁忠心耿耿。陳水扁在競選臺北市長連任失敗后，當時其幕僚群因直接承受敗選壓力，一度退出陳水扁核心，其中馬永成赴英國游學，羅文嘉赴澳洲隱居，林錦昌遠走法國，只有柯承亨、李逸洋分別出任陳水扁辦公室的正、副主任，另組“扁核心”，堅決不離開。
而在陳水扁邁向臺灣地區(qū)領導人之路上，專長在“國防外交”的柯承亨，更是陳水扁不可或缺的得力助手，特別是陳水扁與民進黨一向讓外界認為不擅長“國防外交”，因而如何擬定妥適的策略迎戰(zhàn)對手的攻擊與外界的質(zhì)疑，就無疑成了陳水扁的勝負關鍵。
在在這種嚴峻的背景下，柯承亨自然肩負起重責大任，在選戰(zhàn)的關鍵時期與陳水扁合著了“國防政策白皮書”，為陳水扁爭取到了不少選票，柯承亨也因此被外界視為陳水扁身邊少數(shù)對“國防”軍事政策著墨甚深的軍師型人物，奠定了他作為陳水扁首席軍事幕僚的地位。
陳水扁勝選后，柯承亨擔任是其依重的人物。在臺灣地區(qū)的情治系統(tǒng)基本上是由國民黨人掌握的不利情況下，陳水扁就決定委任柯承亨為“國安會”咨詢委員，主管軍事、情報、軍購、兩岸和對美關系，為其在情治系統(tǒng)擔任“監(jiān)軍”的角色。后來更將柯承亨晉升為“國安會”副秘書長，并擔任“國防組”召集人，負責跨組協(xié)調(diào)及強化聯(lián)系，直接參與陳水扁有關“國安”、“國防”事務的決策。
