柯承亨一直對(duì)陳水扁忠心耿耿。陳水扁在競(jìng)選臺(tái)北市長(zhǎng)連任失敗后，當(dāng)時(shí)其幕僚群因直接承受敗選壓力，一度退出陳水扁核心，其中馬永成赴英國(guó)游學(xué)，羅文嘉赴澳洲隱居，林錦昌遠(yuǎn)走法國(guó)，只有柯承亨、李逸洋分別出任陳水扁辦公室的正、副主任，另組“扁核心”，堅(jiān)決不離開(kāi)。
而在陳水扁邁向臺(tái)灣地區(qū)領(lǐng)導(dǎo)人之路上，專(zhuān)長(zhǎng)在“國(guó)防外交”的柯承亨，更是陳水扁不可或缺的得力助手，特別是陳水扁與民進(jìn)黨一向讓外界認(rèn)為不擅長(zhǎng)“國(guó)防外交”，因而如何擬定妥適的策略迎戰(zhàn)對(duì)手的攻擊與外界的質(zhì)疑，就無(wú)疑成了陳水扁的勝負(fù)關(guān)鍵。
在在這種嚴(yán)峻的背景下，柯承亨自然肩負(fù)起重責(zé)大任，在選戰(zhàn)的關(guān)鍵時(shí)期與陳水扁合著了“國(guó)防政策白皮書(shū)”，為陳水扁爭(zhēng)取到了不少選票，柯承亨也因此被外界視為陳水扁身邊少數(shù)對(duì)“國(guó)防”軍事政策著墨甚深的軍師型人物，奠定了他作為陳水扁首席軍事幕僚的地位。
陳水扁勝選后，柯承亨擔(dān)任是其依重的人物。在臺(tái)灣地區(qū)的情治系統(tǒng)基本上是由國(guó)民黨人掌握的不利情況下，陳水扁就決定委任柯承亨為“國(guó)安會(huì)”咨詢(xún)委員，主管軍事、情報(bào)、軍購(gòu)、兩岸和對(duì)美關(guān)系，為其在情治系統(tǒng)擔(dān)任“監(jiān)軍”的角色。后來(lái)更將柯承亨晉升為“國(guó)安會(huì)”副秘書(shū)長(zhǎng)，并擔(dān)任“國(guó)防組”召集人，負(fù)責(zé)跨組協(xié)調(diào)及強(qiáng)化聯(lián)系，直接參與陳水扁有關(guān)“國(guó)安”、“國(guó)防”事務(wù)的決策。
