10月3日，毛澤東主持召開(kāi)中共中央政治局常委會(huì)擴(kuò)大會(huì)議，決定“讓金、馬留在蔣介石手中”。這一決定意味著中共中央將原定先收復(fù)金、馬再解放臺(tái)灣的“兩步走”調(diào)整為“一攬子解決”臺(tái)、澎、金、馬問(wèn)題。根據(jù)新的策略，中共中央決定暫時(shí)停止炮擊金門(mén)，以沒(méi)有美艦護(hù)航為條件，允許國(guó)民黨軍隊(duì)運(yùn)輸補(bǔ)給物資；并制定了對(duì)金、馬“打而不封，封而不死”的新策略。

10月6日、13日、25日，《人民日?qǐng)?bào)》相繼發(fā)表由毛澤東起草，以國(guó)防部長(zhǎng)彭德懷名義發(fā)布的《告臺(tái)灣同胞書(shū)》《國(guó)防部命令》《再告臺(tái)灣同胞書(shū)》，陸續(xù)宣布對(duì)金門(mén)暫停炮擊7天、兩個(gè)星期、單(日)打雙(日)不打，同時(shí)闡述原則立場(chǎng)和政策主張，主要是：第一，堅(jiān)持一個(gè)中國(guó)是國(guó)共兩黨共同的立場(chǎng)；第二，反對(duì)美國(guó)制造“兩個(gè)中國(guó)”；第三，國(guó)共兩黨舉行談判，和平解決臺(tái)灣問(wèn)題；第四，臺(tái)灣問(wèn)題是中國(guó)內(nèi)政，不受外國(guó)干涉。

大陸方面宣布暫停炮擊后，10月13日，毛澤東還親自約見(jiàn)了曹聚仁，重申了中共中央1955年至1956年提出的和平解決臺(tái)灣問(wèn)題的政策，并且有了新的發(fā)展，涵蓋社會(huì)制度、軍隊(duì)、財(cái)政、經(jīng)濟(jì)、生活方式等方面，請(qǐng)其向臺(tái)灣當(dāng)局轉(zhuǎn)達(dá)。

大陸方面炮擊金門(mén)的策略性調(diào)整和公開(kāi)宣布的原則立場(chǎng)、政策主張，增加了蔣介石拒絕美國(guó)要求其從金門(mén)馬祖撤軍的籌碼，促使美國(guó)在10月23日于美臺(tái)雙方會(huì)談公報(bào)中聲明“金門(mén)連同馬祖的防務(wù)是從臺(tái)灣和澎湖的防務(wù)密切相關(guān)的”。這意味著美國(guó)不再?gòu)?qiáng)行要求臺(tái)灣當(dāng)局從金、馬撤軍。

10月31日，毛澤東指示：逢雙日一律不打炮，使蔣軍可以出來(lái)活動(dòng)，曬曬太陽(yáng)，以利持久。只在單日略打一點(diǎn)炮。1959年1月9日，中央軍委指示前線(xiàn)部隊(duì)單日不一定都打炮。此后雙方心照不宣，炮彈基本往無(wú)人區(qū)射擊。1961年12月至1978年12月31日，雙方炮擊又改打“宣傳炮”，即用大炮發(fā)射宣傳品。

1979年1月1日，中美兩國(guó)建交，美國(guó)政府和臺(tái)灣國(guó)民黨當(dāng)局的“共同防御條約”即告終止。同日，全國(guó)人大常委會(huì)發(fā)表《告臺(tái)灣同胞書(shū)》，宣布爭(zhēng)取和平統(tǒng)一祖國(guó)的方針；國(guó)防部長(zhǎng)徐向前發(fā)表《關(guān)于停止炮擊大、小金門(mén)等島嶼的聲明》，福建前線(xiàn)部隊(duì)對(duì)金門(mén)的炮擊即告停止。

影響

大陸方面炮擊金門(mén)，集政治、軍事、外交斗爭(zhēng)與一體，蔚為世界戰(zhàn)爭(zhēng)史上的奇觀。這次炮擊金門(mén)，對(duì)兩岸關(guān)系產(chǎn)生了深遠(yuǎn)而積極的重大影響，最為重大的意義在于粉碎了美國(guó)“劃峽而治”、制造“兩個(gè)中國(guó)”的陰謀，并且第一次指出國(guó)共兩黨都認(rèn)為世界上只有一個(gè)中國(guó)、沒(méi)有“兩個(gè)中國(guó)”，推動(dòng)臺(tái)灣當(dāng)局堅(jiān)持了一個(gè)中國(guó)立場(chǎng)，對(duì)兩岸關(guān)系產(chǎn)生深遠(yuǎn)而積極的影響；其次，懲罰了臺(tái)灣當(dāng)局的軍事挑釁，還推動(dòng)恢復(fù)了美國(guó)單方面中斷的中美大使級(jí)會(huì)談；同時(shí)，牽制了美國(guó)，有力地支持了中東地區(qū)人民反帝反壓迫的民族解放斗爭(zhēng)。

炮擊金門(mén)后，在尖銳的兩岸軍事對(duì)峙中，中共中央繼續(xù)為爭(zhēng)取通過(guò)談判和平解決臺(tái)灣問(wèn)題而努力，并豐富和發(fā)展了和平解決臺(tái)灣問(wèn)題的重要原則和政策主張，提出了包括“一綱四目”、容許臺(tái)灣保持原來(lái)的社會(huì)制度等一系列重要政策主張，為爭(zhēng)取祖國(guó)完全統(tǒng)一提供了寶貴的思想財(cái)富。

而國(guó)民黨方面經(jīng)過(guò)金門(mén)炮戰(zhàn)認(rèn)識(shí)到，美國(guó)對(duì)其“反攻大陸”的支持是以不被拖入與中國(guó)大陸的戰(zhàn)爭(zhēng)為條件，不得不對(duì)“反攻大陸”計(jì)劃進(jìn)行調(diào)整，由早先的“軍事第一、反攻第一”改為“政治為主、軍事為從”“七分政治、三分軍事”。正是在這樣的歷史條件下，炮擊金門(mén)后的兩岸軍事緊張狀態(tài)較之前有所緩和，大規(guī)模的軍事沖突減少。