陳水扁三萬多件公文消失
報道稱，鑒于2000年的教訓(xùn)，馬英九在2008年上任前有備而來，除了推動建立相關(guān)法規(guī)力圖要為交接建立制度化，也巨細(xì)靡遺要求陳水扁的交接小組交出檔案。
相關(guān)法規(guī)方案最后在臺立法機(jī)構(gòu)審議時難產(chǎn)，等到馬英九上臺后，制度化進(jìn)程不了了之，而當(dāng)時馬英九的交接小組也向媒體表示，陳水扁時期列冊移交的文件只有七八百件，更質(zhì)疑在政黨輪替前夕，臺灣地區(qū)領(lǐng)導(dǎo)人辦公室購置57臺碎紙機(jī)銷毀文件。
曾經(jīng)使用過碎紙機(jī)的一位人士表示，2008年3月選舉結(jié)束后，確實(shí)收到指令要銷毀文件，不過以他的了解，多半是不重要的文件和檔案，沒有留存或歸檔的必要性。
不過，媒體也曾報道，臺灣地區(qū)領(lǐng)導(dǎo)人辦公室前秘書長詹春柏接獲情資，指當(dāng)局有違法使用機(jī)密資料疑慮，后來靠三位小秘書，花兩年進(jìn)行公文大普查，發(fā)現(xiàn)民進(jìn)黨八年執(zhí)政期間，臺灣地區(qū)領(lǐng)導(dǎo)人辦公室有3.6萬件公文不知去向。在此之前，馬英九時期的官員也曾說，陳水扁曾拷貝不少外事檔案。
檔案交接被指用于查案
臺媒披露，一位在陳水扁時期任職的知情人士指出，他不全然了解是否有馬陣營所指控的3.6萬件公文，以他的了解，所謂的公文，究竟是公文，還是檔案，或是文件、備忘錄，必須先厘清，有不少安全機(jī)構(gòu)負(fù)責(zé)人常會以“親密啟”類型呈報給臺灣地區(qū)領(lǐng)導(dǎo)人，內(nèi)容不乏機(jī)敏性的情資，這些裝在公文袋并密封的機(jī)密情資送到臺灣地區(qū)領(lǐng)導(dǎo)人辦公室收發(fā)室，自然會留下公文收發(fā)記錄，但問題是，這些算是公文，還是檔案？
他還稱，在當(dāng)年權(quán)力交接時，他們確實(shí)感受到馬英九針對不少個案，不管是內(nèi)容、預(yù)算等，逐項逐次地詢問檔案在何處，日后當(dāng)扁案陸續(xù)被曝，他認(rèn)為，與其說是為了交接，不如說是查案用的。
