從路線方面，國民黨的理想信念模糊，缺乏一套有別于民進黨且有感召力的話語體系和政策論述，路線主張不清晰、不明確，本土派“藍皮綠骨”，繼承了李登輝的路線，與民進黨政治主張相近。非本土派繼承了傳統(tǒng)的國民黨路線，接受“九二共識”、堅持“中華民國”的“法統(tǒng)地位”。在黨主席的選舉中，圍繞路線問題矛盾復雜、分歧嚴重、斗爭激烈，尤其是本土派更是將路線之爭作為權(quán)斗的工具，將原主席洪秀柱貼上“終極統(tǒng)一”的標簽，刻意攻擊、大肆唱衰，打壓洪的選情，加劇了黨的路線分歧與斗爭。國民黨“立院”黨團書記長林為洲一針見血地指出，國民黨民調(diào)沒起色，關(guān)鍵在于黨內(nèi)黨代表、中央委員、中常委等選舉內(nèi)耗太久，讓各級民代疏于本業(yè)，選舉過程的負面形象更讓黨扣分。

　  困結(jié)整合艱困改革阻力大。激烈的權(quán)力斗爭及路線分歧，不易調(diào)和，使得黨的團結(jié)整合極其艱困，嚴重影響、削弱黨的整體競爭力、戰(zhàn)斗力，黨中央對全黨的凝聚力不足，洪秀柱擔任黨主席時被外界形容黨令出不了中央黨部；吳敦義接任后，黨內(nèi)的矛盾斗爭依舊，舊的問題沒能很好解決，新的矛盾又接踵而至，團結(jié)整合形勢復雜棘手，吳的表現(xiàn)不那么令人滿意，吳誓言振興國民黨、重返執(zhí)政，卻沒有能夠很好地整合、團結(jié)全黨，個人形象、低迷氣勢無明顯改觀，9月民調(diào)反映，近60%的民眾不相信吳能帶領(lǐng)國民黨改革成功；中評智庫大數(shù)據(jù)中心報告顯示，吳的個人形象對青年世代仍缺乏吸引力。這些說明吳上任后沒有展現(xiàn)出應有的組織領(lǐng)導和團結(jié)整合能力。

　  國民黨的衰敗，也使得黨內(nèi)改革的呼聲高漲，特別是黨主席選舉，各候選人都提出自己的改革理念和主張，吳敦義上臺后，也提出一系列改革措施。然改革的動力有余深度不足，阻力重重，對改革的方向、領(lǐng)域、內(nèi)容分歧大，難以達成共識，矛盾復雜、斗爭激烈；世代斷層、青黃不接現(xiàn)象嚴重，新老交替成效不大，對年輕人缺乏吸引力；黨務改革雷聲大、雨點小，中央黨務結(jié)構(gòu)和選前沒有太大區(qū)別；黨產(chǎn)包袱仍重，任人宰割；加之主席領(lǐng)導權(quán)威不足，領(lǐng)導人變動頻繁，改革的連續(xù)性難以保證。這些都嚴重制約國民黨的發(fā)展。

　 被動挨打斗爭策略薄弱。國民黨在野已經(jīng)一年多，雖一再表示要做一個合格的在野黨，卻遠遠沒有達到，在野斗爭經(jīng)驗和策略極其缺乏、薄弱，無法與過去在野的民進黨相提并論，民進黨在野時通過體制內(nèi)的“合法”抗爭和體制外的強大社會運動相結(jié)合，弄得國民黨焦頭爛額、極其被動，施政舉步維艱。現(xiàn)今，國民黨在野一年多，與民進黨的身份來了個大調(diào)換，卻缺乏在野斗爭經(jīng)驗，策略呆板、薄弱，沒有因身份的轉(zhuǎn)換而變得主動，面對執(zhí)政的民進黨，顯得束手無策，仍處處被動挨打，遭民進黨“抄家滅族”式追殺，處境艱困，吳敦義上臺伊始，即面臨黨工薪資發(fā)放難題。對執(zhí)政黨的監(jiān)督、制衡乏力，民進黨欲通過的眾多法案幾乎是暢通無阻。國民黨與親民黨、新黨的關(guān)系不睦，雖有心修復，卻無明顯成效，常常成為政壇孤家寡人，十分被動。

　  上述困境仍嚴重制約著國民黨的發(fā)展，阻礙其東山再起。