1949年1月，根據(jù)傅作義對(duì)戰(zhàn)和仍不明朗的態(tài)度，解放軍一舉攻克天津，切斷了傅作義海上逃跑的路線。10日，閻又文又接到王玉發(fā)來(lái)的指示：迅速了解傅作義的動(dòng)向。閻認(rèn)為傅作義的動(dòng)向可能是：一、南逃會(huì)蔣，在長(zhǎng)江一線駐軍；二、往西線而去，投靠西北馬家軍；三、固守北平，與林彪部隊(duì)決戰(zhàn)于此。不過(guò)，傅猶疑不決，決心難下。此時(shí)，閻又文力勸傅，其部非蔣嫡系，投靠蔣絕非上策；如與西北馬家軍會(huì)合，如今北平已被共軍百萬(wàn)大軍所包圍，此路顯然不通；與林彪決戰(zhàn)，則分明是絕路，況且北平這座文化古城將遭到毀滅性破壞，敵我雙方都將成為千古罪人。那么，不妨尋找第四條出路，與城外的共產(chǎn)黨談判，尋找轉(zhuǎn)機(jī)。傅作義對(duì)此仍猶疑不定。在此間隙，根據(jù)上級(jí)指示，閻又文配合各路人馬，如鄧寶珊、傅冬菊、劉厚同、何思源、杜任之等，對(duì)傅作義展開(kāi)攻心戰(zhàn)，終于使傅作義決定派代表與中共和談。

　　隨即，閻又文代表傅作義參與雙方的和談。1948年12月25日，在傅作義戰(zhàn)與和尚不明朗的時(shí)候，新華社公開(kāi)宣布了一份以蔣介石為首的43名國(guó)民黨頭等戰(zhàn)犯的名單，其中有傅作義的名字。對(duì)此，傅作義心里十分在意。此時(shí)，閻又文對(duì)傅作義進(jìn)行了許多勸導(dǎo)工作。他說(shuō)這是“周瑜打黃蓋”，即“蔣介石對(duì)你不率部南撤肯定會(huì)生疑，而華北丟了再去南方，蔣不會(huì)饒過(guò)你。共產(chǎn)黨正在和我們和談，這時(shí)把你和蔣綁在一起，應(yīng)該是為了解除蔣的懷疑”。果然，中共密使很快轉(zhuǎn)來(lái)了一封毛澤東親擬的電報(bào)，電報(bào)告訴傅作義：“我們這樣一宣布，你在蔣和蔣的部隊(duì)面前地位加強(qiáng)了。你可表示堅(jiān)決打下去、別無(wú)出路，暗里和我們談好，和平解放北平。”

　　于是解開(kāi)了傅作義的心結(jié)，雙方的秘密和談重新開(kāi)始。閻又文受命作為談判代表，對(duì)談判過(guò)程進(jìn)行了詳細(xì)記錄。回到北平后，他把與葉劍英的談話記錄交給傅，傅看后沉思良久，說(shuō)：“看起來(lái)，事到如今，只有放下武器這條出路了。”

　　1949年1月22日，閻又文以華北“剿匪”總司令部政工處副處長(zhǎng)的身份，在中山公園水榭舉行了最后一場(chǎng)中外記者招待會(huì)。他代表傅作義宣讀了《關(guān)于北平和平解決問(wèn)題的協(xié)議書(shū)》，以及傅作義的文告。此后的1月31日，北平宣告和平解放。2月2日，傅作義偕鄧寶珊、閻又文赴西柏坡拜會(huì)毛澤東。在那里，閻又文第一次見(jiàn)到了自己的直接上級(jí)領(lǐng)導(dǎo)羅青長(zhǎng)，并正式恢復(fù)了自己的組織關(guān)系。不過(guò)，當(dāng)時(shí)他的真實(shí)身份仍未公開(kāi)，仍繼續(xù)協(xié)助完成傅作義部隊(duì)的改編和綏遠(yuǎn)和平起義的工作。

　　新中國(guó)成立后，閻又文隨傅作義部隊(duì)接受改編。此后，他由水利部部長(zhǎng)傅作義點(diǎn)名，調(diào)任水利部辦公廳主任。再后，又任水利部農(nóng)田水利局副局長(zhǎng)。不過(guò)，按照組織的安排，閻又文的真實(shí)身份仍然沒(méi)有公開(kāi)。

　　1961年，閻又文奉命調(diào)至農(nóng)業(yè)部，曾任糧油生產(chǎn)局局長(zhǎng)。其時(shí)正值全國(guó)饑荒，主管糧食生產(chǎn)的閻又文，其壓力可想而知。由于他常年在全國(guó)各地奔波，終積勞成疾，于1962年9月25日逝世。