“中研院遭陸委會(huì)打臉，除了曲解、擴(kuò)張法律解釋之外，更嚴(yán)重的恐怕是在學(xué)術(shù)上自我設(shè)限。”臺(tái)“聯(lián)合新聞網(wǎng)”評論稱：“在現(xiàn)有兩岸關(guān)系下，臺(tái)灣學(xué)者應(yīng)邀赴大陸短期教學(xué)或擔(dān)任客座教授，已接近人人自危的程度，深恐踩到蔡當(dāng)局的紅線，如今‘中研院’再加碼，用自我詮釋的方式來限制赴陸任職的學(xué)者，難免讓外界有觀風(fēng)向的聯(lián)想，這也讓臺(tái)灣學(xué)術(shù)研究最高機(jī)關(guān)蒙塵。”
臺(tái)媒直指：“近來蔡當(dāng)局以安全之名限縮人民權(quán)利，上至退休高官延長赴陸管制，下至到大陸擔(dān)任如同臺(tái)灣村里長干事的社區(qū)主任助理都被開罰，在此脈絡(luò)與肅殺的氛圍下，‘中研院’發(fā)出這紙十足‘政治正確’卻自我閹割的公文也就不讓人那么意外了。‘上有好者，下必甚焉’‘中研院’如此，也不必太驚訝了。”
國臺(tái)辦發(fā)言人安峰山此前在回應(yīng)“民進(jìn)黨清查到大陸工作的科研人員”時(shí)就表示，大陸方面一直在積極的為臺(tái)灣同胞分享大陸的發(fā)展機(jī)遇來創(chuàng)造更好的條件，造福臺(tái)灣同胞。而民進(jìn)黨當(dāng)局卻編造各種理由不斷從中作梗，處處設(shè)置障礙，甚至肆意羅織罪名威脅和恫嚇，這是站在臺(tái)灣同胞的對立面，損害臺(tái)灣民眾追求美好生活的權(quán)利，阻礙臺(tái)灣同胞實(shí)現(xiàn)自身更大更好發(fā)展的機(jī)遇，只會(huì)進(jìn)一步損害臺(tái)灣同胞的利益。
