2004年邱毅再度當(dāng)選連任民代，同年的臺(tái)灣地區(qū)領(lǐng)導(dǎo)人選舉，因選前“3.19槍擊案”，國(guó)民黨“連宋配”以微小差距落敗。選舉結(jié)束當(dāng)晚，因懷疑民進(jìn)黨操縱選舉，泛藍(lán)支持者在全臺(tái)灣各地集結(jié)，邱毅也帶領(lǐng)支持者，到高雄地方法院門前要求驗(yàn)票，并指揮貨車沖撞高雄地方法院，邱毅因此被網(wǎng)友稱為“沖車大將軍”。
2005年，宋楚瑜與陳水扁的“扁宋會(huì)”登場(chǎng)，邱毅因?yàn)閳?jiān)決反對(duì)扁宋合作退出親民黨，并于2006年1月在國(guó)民黨榮譽(yù)主席連戰(zhàn)、臺(tái)立法機(jī)構(gòu)負(fù)責(zé)人王金平等人的推薦下，加入中國(guó)國(guó)民黨。期間邱毅因?yàn)槌晒野l(fā)陳水扁家系列弊案，成為臺(tái)灣政壇的“揭弊天王”，名聲大噪，也成了“民進(jìn)黨最害怕的人”。
2008年邱毅被提名為國(guó)民黨不分區(qū)民代，此后邱毅還出任過(guò)國(guó)民黨第十八屆第一任中央常務(wù)委員、第十九屆中央委員。
2016年，邱毅獲新黨提名為不分區(qū)民代候選人，名列第二，但最終因新黨政黨票未跨越5％的門檻，無(wú)緣進(jìn)入臺(tái)立法機(jī)構(gòu)。2019年11月13日，國(guó)民黨中常會(huì)通過(guò)2020選舉不分區(qū)民代建議名單，邱毅名列第八。但因?yàn)樗回炛С?a href="http://www.8037eee.com/news/lanews/" target="_blank">兩岸統(tǒng)一的立場(chǎng)，民進(jìn)黨網(wǎng)軍對(duì)他發(fā)起了排山倒海的攻擊，再加上國(guó)民黨內(nèi)部也有人附和綠營(yíng)的所謂“倒邱”言論，邱毅主動(dòng)宣布退出。
