蔣經(jīng)國故去后，李登輝得宋楚瑜等人輔助，雖集大權(quán)于一身，然而根基未穩(wěn)。上世紀(jì)90年代初，為抗衡國民黨內(nèi)外省籍元老及軍人勢力，李登輝引入本土派系，又開放地方選舉。然而，由于人物良莠不齊，致使國民黨快速腐化。所謂黑金政治，即由此而來。未幾，馬英九在國民黨十四全會(huì)上，批評該黨選風(fēng)敗壞，時(shí)任黨主席的李登輝對其極為不滿。

　　在推動(dòng)“憲制”改革的過程中，馬英九銜國民黨中央之命，推銷“總統(tǒng)”委任直選制———實(shí)為間接選舉制，更為此辦了數(shù)十場講解會(huì)。最后關(guān)頭，李登輝竟作180度大轉(zhuǎn)變，改采公民直接選舉制。馬英九十分錯(cuò)愕，更向記者直言，以后他說的話，還有人相信嗎？在“總統(tǒng)”是間接選舉還是直接選舉的問題上，馬英九為國民黨，也可以說為李登輝背了反民主的黑鍋。直到此次“大選”，馬英九仍在被綠營質(zhì)問其民主信仰。

　　馬英九觸怒李登輝

　　但此事并未影響馬英九作為國民黨內(nèi)政治新星的地位。1993年，連戰(zhàn)組成“博士內(nèi)閣”，因馬英九時(shí)望頗佳，遂以哈佛法學(xué)博士之資，接任“法務(wù)部長”。在“部長”任上，馬英九大力反賄選，所緝捕嫌疑人更以國民黨人士為主，海內(nèi)外皆頗注目。

　　結(jié)果，馬英九觸怒了李登輝及相關(guān)利益者，最后黯然下臺(tái)，轉(zhuǎn)任“政務(wù)委員”的閑職。此后，臺(tái)灣治安日壞，多起嚴(yán)重兇殺案爆發(fā)，卻未見有政務(wù)官負(fù)責(zé)。白曉燕案后，馬英九辭去“政務(wù)委員”一職，稱“不知為何而戰(zhàn)”，從此掛官求去，后來在臺(tái)灣政治大學(xué)任教，似乎就此離開政壇。此舉使李登輝大動(dòng)肝火。

　　2000年，國民黨因李登輝挑動(dòng)連戰(zhàn)、宋楚瑜相爭，使陳水扁漁人得利。選前，諾貝爾獎(jiǎng)得主、“中央研究院”院長李遠(yuǎn)哲，呼吁各方支持陳水扁，希望民眾在向上提升與向下沉淪之間作出抉擇，已讓各界嗅出異樣。關(guān)鍵時(shí)刻，與李登輝關(guān)系密切的李遠(yuǎn)哲登高一呼，被視為“棄連保扁以打宋”的大旗由李遠(yuǎn)哲代替李登輝舉起。