但孫立人不為所動(dòng)，再三表示：

　　 “我忠于蔣介石，不能臨難背棄。臺(tái)灣軍隊(duì)悉由蔣介石指揮。陳誠(chéng)（時(shí)任東南行政公署長(zhǎng)官，坐鎮(zhèn)臺(tái)北）也是聽(tīng)命于蔣介石的。”而且他還表示：“我只會(huì)打仗，不會(huì)搞政治，不會(huì)領(lǐng)導(dǎo)反共”，要美國(guó)繼續(xù)支持蔣介石。

　　 回到臺(tái)灣之后，孫立人將此行如實(shí)向陳誠(chéng)匯報(bào)，并請(qǐng)轉(zhuǎn)達(dá)蔣介石。

　　 然而，孫的光明磊落并沒(méi)有換來(lái)蔣的信任，反而更加劇了蔣的不安。只是礙于臺(tái)海危機(jī)情勢(shì)，加上美國(guó)人的情面，蔣介石不得不重用孫立人以防衛(wèi)臺(tái)灣，并利用他與美國(guó)的良好關(guān)系爭(zhēng)取美援。蔣介石在自己的日記里記載，他并非不愿意用孫立人，但是“吳（國(guó)楨）、孫（立人）屢屢挾外（美國(guó)）自重”，從1949年5、6月間美駐臺(tái)領(lǐng)事艾嘉致國(guó)務(wù)卿的7封電報(bào)可知，孫立人對(duì)美國(guó)外交官一直埋怨陳誠(chéng)故意雪藏他，以至于他有職無(wú)權(quán)，他希望軍民分治，又說(shuō)臺(tái)灣形勢(shì)發(fā)展到人心思變的地步，還抨擊陳誠(chéng)等人落后時(shí)代50年等。身為軍方要員，向外國(guó)官員謾罵本國(guó)政府，自然是越軌之舉。

　　 1950年3月17日，蔣擢升孫為陸軍總司令兼陸軍訓(xùn)練司令，三天后又加臺(tái)灣防衛(wèi)總司令，并許諾未來(lái)晉升其為三軍總參謀長(zhǎng)。一時(shí)間，孫立人成了蔣身邊炙手可熱的人物。但就在孫立人就任陸軍總司令的同時(shí)，掌控臺(tái)灣情治機(jī)關(guān)的蔣經(jīng)國(guó)已經(jīng)在蔣介石的授意下，將特務(wù)網(wǎng)絡(luò)滲透至陸軍總司令部。

　　 3月23日，就在孫立人被任命為陸軍總司令不到一周時(shí)間后，他的英文秘書(shū)黃正，以及黃正的姐姐陸軍訓(xùn)練總部干部黃玨，便被蔣經(jīng)國(guó)以莫須有的“泄露軍機(jī)”罪名逮捕，判刑十年。接著，孫立人的舊部屬李鴻、陳鳴人、彭克立等人也以“匪諜”罪被拘捕。

　　 6月底，朝鮮戰(zhàn)爭(zhēng)爆發(fā)，美第七艦隊(duì)協(xié)防臺(tái)灣。這對(duì)岌岌可危的蔣介石來(lái)說(shuō)，無(wú)疑是打了一劑強(qiáng)心針，臺(tái)灣安全可保，孫立人的作用大加削弱。

　　 1951年3月27日，蔣介石正式派遣蔣經(jīng)國(guó)進(jìn)駐陸軍總司令部，組建陸軍總司令部政治部，這等同于給孫立人派了一個(gè)監(jiān)軍。孫立人處處為蔣經(jīng)國(guó)掣肘，成了有名無(wú)實(shí)的陸軍總司令。

　　 孫立人長(zhǎng)期接受美式教育，而且個(gè)性孤高自傲，一貫不恥官場(chǎng)的相互傾軋、阿諛?lè)暧?，?duì)于蔣經(jīng)國(guó)的政工系統(tǒng)就更為厭惡。而且作為一個(gè)職業(yè)軍人，孫并沒(méi)有太多的政治權(quán)謀，不善協(xié)調(diào)各方關(guān)系，胸?zé)o城府，這也使他與蔣經(jīng)國(guó)及黃埔系將領(lǐng)關(guān)系日漸緊張。江南（劉宜良）在《蔣經(jīng)國(guó)傳》中提到：“孫是個(gè)非常優(yōu)秀的帶兵官，但是位很壞的領(lǐng)袖。講人際關(guān)系，他和他的同僚幾乎沒(méi)有人可以合得來(lái)。任陸軍總司令期間，每周軍事匯報(bào)，從來(lái)未準(zhǔn)時(shí)出席，其理由非常可笑：他不愿向周至柔總長(zhǎng)敬禮，遲到即可避免，因?yàn)榭偨y(tǒng)已經(jīng)在場(chǎng)。”甚至連蔣經(jīng)國(guó)向他拜年，他都不見(jiàn)。